La rinascita dell'agopuntura è legata proprio agli ottimi risultati che l’agopuntura ha avuto nella cura delle epidemie che si sono diffuse in Cina al termine della guerra civile, successiva all’invasione dei giapponesi nella seconda guerra mondiale. La terapia delle malattie infettive è uno delle più interessanti applicazioni dell'agopuntura, poiché stimola la risposta dei sistemi di difesa naturali dell'organismo, affiancandosi o sostituendosi alle cure della medicina occidentale a base di farmaci antibiotici o antivirali. In questo senso, potrebbe essere utile, in associazione ai medicinali occidentali, nelle nuove forme di malattie infettive, come Sars, influenza aviaria eccetera. Stimola e modula la risposta del sistema di difesa dell'organismo, inoltre, l'agopuntura, agendo sul microcircolo, è in grado di far arrivare il medicinale in maggiori concentrazioni sul bersaglio, cioè il virus o il battere.

È proprio nella cura di una malattia infettiva come il Fuoco di Sant'Antonio, causata dal virus dell'herpes zoster e che provoca prima dolori o formicolio e poi la comparsa di eruzioni simili a quelle della varicella, che l'agopuntura offre i risultati migliori, arrivando ad avere il 99% di possibilità di successo, quando si interviene durante la fase acuta del disturbo. Si possono trattare, seppure con risultati minori, anche le algie post-zosteriane.

Si trattano anche le malattie infettive in forma cronica o recidivante, in particolare in caso di vaginiti recidivanti specialmente da herpes genitale, cistiti, prostatiti, faringiti, bronchiti, sinusiti ed epatiti croniche.